相互リンクの方法はいくつかあります。
例えば、CGIによるリンクや相互リンクサービスを行っているサイトの仲介等です。
前者の場合は、自動リンクシステムが設けられており、一方がリンクを貼ると自動的に相互リンクになるというシステムを用いているので、手間がかかりません。
また、後者の場合はそのサービスに参加するだけで、様々なサイトとリンクできるというシステムになっています。
これらの方法以上に一般的なのは、直接リンクを申し込むという方法です。
自分のホームページにリンク集のページを設け、そこにリンクをしたい相手のホームページへのリンクを貼り（もしくは貼る前に）相手に対して相互リンクのお願いをメールなどで送るという方法です。
この方法が一番手っ取り早いでしょう。
基本的に、ホームページを作る人は個人同士の相互リンクは歓迎するものです。
また、注意書きのあるサイト等では、リンクフリーなどという言葉を使っている所も少なくありません。
この場合は、まず断られる事はないので、どんどん申請を行ってみましょう。
ただし、個人同士の相互リンクの交渉の場合は、アフィリエイトサイトか否かというのが大きな問題となる事が多いようです。
アフィリエイトを行っていないサイトは、アフィリエイトサイトを好まない事があります。
その為、アフィリエイトを行っている人同士、そうでない同士の方がスムーズに交渉はまとまるでしょう。